最初人们认为胃里是没有细菌的，因为胃酸太强了。可是随着微生物的研究深入，人们在非常严峻的自然环境中，比如像高温高压的火山口，没有氧气的环境都能找到大量的细菌。之后再回看胃的时候就不会想当然的认为胃里绝对没有细菌了。到了现在大家都知道胃里至少有幽门螺杆菌，它们在胃里的规模大概是几十亿这个数量级。其实它们并不是游荡在胃酸里，而是生活在胃壁分泌的粘液中，粘液可以包裹住幽门螺杆菌，免得它们被胃酸杀死。这层粘液同时也保护了胃壁不会被胃酸消化掉。
幽门螺杆菌是外来的细菌吗？不是的，它其实应该算是人类的老住户了，从原始哺乳类动物的胃里就能发现它们的痕迹。随着动物的分化，有些食草动物甚至进化出四个胃，在它们的胃里也有大量的细菌。生活在人的胃里的细菌叫做幽门螺杆菌，但是生活在其它动物胃里的细菌就不叫这个名字，比如豹的胃里面的就叫豹杆菌，猪的胃里就叫猪杆菌，这些细菌在生物界的历史还是很悠久的。
其实要是分析人胃里幽门螺杆菌的DNA，也能为人类祖先的传承画出一幅图来。从15万年前的智人走出非洲大陆开始，人类就携带着这份样本，后来幽门螺杆菌一共分出五大系，有两个大系来自非洲，有两个大系来自欧洲，还有一个来自东亚。我们甚至到了大约一万一千年的时候，那些跋山涉水达到美洲内陆的居民，都可以根据他们胃里幽门螺杆菌，分辨出他们是来自东亚的人。我们还可以分辨出在南美沿海地区，比如像秘鲁、哥伦比亚人的胃里头就是分布着欧洲分类的幽门螺杆菌。因为这些地方的居民曾经被西班牙殖民过。
困扰人们最多的就是胃炎和胃溃疡。溃疡会发生在人身体的很多地方，简单来说就是皮肤或者粘膜破了，破了之后在伤口处继续化脓，就是伤口烂了。胃溃疡因为发生在胃里头，所以一旦胃粘膜破了，胃酸就会直接接触到溃烂的地方，那个地方已经没有胃粘膜保护了，所以胃酸就会逐渐腐蚀到胃粘膜下的肌肉，造成胃出血，最严重的情况就是把整个胃壁都腐蚀出来了，这就是胃穿孔了。穿孔之后，带有伤口化脓的这些液体，像胃酸、还有没消化完的食物就会顺着血液，一起涌向整个腹腔，这时候腹腔粘膜就会流淌着这些细菌感染的液体，就会造成腹腔里其他器官的细菌感染。一旦发展到这一步，就算是现代医学用最现代的手段都难以挽救病人的性命了，所以胃穿孔是非常危险的疾病。
人类发现幽门螺杆菌致病的机理是经过了比较曲折的历程。年的时候，医生们从统计规律中发现老年人的胃酸通常比年轻人的稀释很多，老年人也很少有胃溃疡，所以那会的医生就把这两件事用因果关系联系在一起，之后就开始验证。医生开始让有胃溃疡的病人吃小苏打，就是氢氧化铝这类可以中和胃酸的物质，当时还是有一点效果的。到了年的时候，有两个澳大利亚的医生发现了一个规律，就是凡是有胃溃疡的病人都有胃炎。可能我们平时不会注意胃炎跟胃溃疡的区别，这两个疾病是两回事。胃炎是什么呢？胃炎是一个仅限于胃粘膜上出现充血、水肿，就是像我们嗓子发炎出现的红肿、疼痛那样的表现。之所以出现这样的情况是因为胃粘膜被细菌感染之后，身体免疫出现了反应，所以这些状况都可以归结为炎症反应。有时候胃炎会弥漫整个胃粘膜。可是胃溃疡不一样，它就是那个溃烂点上的事。
当时这两个医生，一个叫马歇尔，一个叫沃伦，他们在既有胃炎又有胃溃疡的病人里面发现了一种外形特别像S型的细菌，这是人类首次意识到，原来胃里头是可以有细菌存在的。他们马上就反应到胃炎、胃溃疡是这种细菌感染导致的。然后两个人就开始找病人检查。最初找了多个病人，分别给他们做胃镜，取病理样本。他们确实在每一个患有慢性胃炎、胃溃疡的病人胃里发现了这种S型细菌，所以他们就更加确信就是这种细菌导致的胃部疾病。后来写了论文发表，可是没人理。
当年其实离现在也不远，就是年，那个时候主流的医学界认为胃病就是食物刺激，还有胃酸过多导致的，有时候甚至认为是精神压力过大导致的。病人那个时候拿回家的药都是降低胃酸水平的药。这两位澳大利亚的医生，想在国际论坛上介绍他们的发现，但是最终他们的论文没有被入选。后来他们有点急眼了，想用动物做试验，但是动物体内不是幽门螺杆菌，是其它的细菌。
到了年，其中有一位医生马歇尔给自己的胃做了全面检查之后，以身试法，喝下了一大杯幽门螺杆菌的培养液，喝下之后第二天就开始胃疼、呕吐，之后几天就开始口臭了，他就用自己的身体做了这个试验。然后他给自己做胃镜，发现自己成功得了急性胃炎，非常高兴。之后他就用替硝唑片，这是一种抗生素，给自己治疗，几天之后症状就消失了。又过了几周检查的时候发现细菌已经消失。
这次无奈之下的人体试验做完之后，他们的论文成功的在《柳叶刀》发表了，《柳叶刀》可是医学界最顶级的期刊。这次引起了全世界科学家的注意，这些科学家就重复马歇尔和沃伦的试验，很多人都重复出他们的结果。他们当时在病人身上使用的抗菌剂叫做铋。使用这种抗菌剂，胃溃疡就会好很多，这下幽门螺杆菌导致胃部疾病的罪名定下来了。
年世界主流医学界已经接受了胃炎、胃溃疡是幽门螺杆菌感染导致的，所以灭杀幽门螺杆菌成为了治疗胃病的主要方法。马歇尔和沃伦因为这个研究发现，在年获得了诺贝尔奖。随后在檀香山心脏研究计划和后续的很多长期数据统计中，研究人员发现了幽门螺杆菌和胃炎、胃溃疡、胃癌的相关性很高，进一步确认了幽门螺杆菌是致病因素。
那为什么很多人胃里面都有幽门螺杆菌而不得胃病呢？那是因为同是幽门螺杆菌也有差异，有部分幽门螺杆菌带有CagA基因，这种菌的*性非常强，感染上它的患者胃炎比例更高，还有一种变异的幽门螺杆菌可以分泌比正常菌更多的穿孔蛋白，会导致更严重的胃溃疡，至此，胃炎和胃溃疡是幽门螺杆菌导致的已经在医学界达成了共识。